Между Эстонией и Россией действуют около 30 двусторонних соглашений.
За последнее десятилетие были заключены следующие договоры:
Соглашение о воздушном сообщении (вступило в силу 30.08.2000)
Соглашение о международном автомобильном сообщении (вступило в силу 26.03.2001)
Дополнительный протокол к «Договору о правовой помощи и правовых отношениях по гражданским, семейным и уголовным делам» (вступил в силу 20.05.2002)
Соглашение о судоходстве в бассейне Чудского, Теплого и Псковского озер и по рекам Эмайыги и Великая (вступило в силу с 06.08.2002)
Соглашение о пунктах пропуска через эстонско-российскую государственную границу (вступило в силу с 25.06.2002)
Конвенция об избежании двойного налогообложения и предотвращении уклонения от налогообложения в отношении налогов на доходы (подписана 05.11.2002)
Протокол о внесении изменений в Соглашение (от 25.06.1993) о сотрудничестве в области пенсионного обеспечения (подписан 05.11.2002)
Соглашение о сотрудничестве между Министерством социальных дел Эстонской Республики и Министерством труда и социального развития Российской Федерации в области пенсионного обеспечения (подписано 05.11.2002)
Договор о передаче лиц, осужденных к лишению свободы (подписан 05.11.2002)
Договор об эстонско-российской государственной границе (подписан 18.05.2005)
Договор о разграничении морских пространств в Нарвском и Финском заливах (подписан 18.05.2005)
Договор между Министерством культуры Эстонской Республики и Министерством культуры и массовых коммуникаций Российской Федерации о сотрудничестве в области культуры и массовых коммуникаций (вступил в силу 10.02.2008)
Договор о сотрудничестве между Департаментом конкуренции Эстонской Республики и Антимонопольной Федеральной службой Российской Федерации (вступил в силу 02.09.2009)
Соглашение между Министерством внутренних дел Эстонской Республики и Федеральной службой Российской Федерации по контролю за оборотом наркотических средств о сотрудничестве по борьбе с незаконным оборотом наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсов (вступило в силу 04.04.2006)
Дополнительный протокол между Министерством внутренних дел Эстонской Республики и Федеральной службой Российской Федерации по контролю за оборотом наркотических средств о сотрудничестве в области усиления борьбы с наркопреступностью (подписан 25.11.2009)
Соглашение между Министерством финансов Эстонской Республики и Федеральной службой Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков о сотрудничестве в борьбе с незаконным оборотом наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсов (вступило в силу 26.11.2009).
